隨著我國循環農業研究的拓展和深入，作為循環農業的一個重要環節，畜禽糞便的資源化處理和利用研究也得到了充分的重視，并去得了相當大的進展。有些技術已在生產上廣為應用，無論在經濟上還是在生態上，皆去得了良好的效益。但是，就目前的畜禽糞便的處理和利用現狀而言，還遠未達到令人滿意的程度，并且部分地區由于畜禽養殖業規模及發展模式的變化，畜禽糞便的面源污染呈現加劇的趨勢。
第一，畜禽養殖業集約化的程度越來越高，專業化特征越來越明顯，導致養殖業與種植業的日益分離，循環農業的鏈節中斷。從事養殖的不種地，糞便不能當做肥料；種地的不再從事養殖，農田靠施化肥，畜禽糞便用作農田肥料的比重大幅度下降，畜禽糞便被亂堆亂排的現象越來越普通。
第二，畜禽養殖業從牧區、農區向城市、城鎮周邊大量轉移，從人口稀少的偏遠農村向人口稠密的城郊地區逐漸集中發展，而相應的糞便處理措施跟不上，畜禽糞便無害與資源化以及商品化處置率＜5%。
第三，畜禽養殖業經營方式日益趨向多樣化，公司加農戶的新型經營模式正在被越來越多的地方采納，畜禽糞便污染在許多地區以“面源”的形式出現，污染呈現了“面上開花”的現象。
第四，畜禽糞便資源化處理中，缺乏實用的、具有一定回報率的處理技術。部分養殖場雖然都不同程度地利用各種技術對其進行減量化處理、資源化利用，但是由于內部管理粗放，對于一些處理設備的投入不足，導致糞便的再利用率低，致使大量營養物質流失。
第五，我國的循環農業還處于起步階段，成熟的循環農業生產技術比較少，發展規模小，在農業中的比較較小，未形成發展循環農業經濟的良好氛圍。對循環經濟的發展未形成整體規劃及整體效應，對資源掠奪式利用和污染環境的現象還不能得到有效遏制，尤其是在廢棄物的處理和利用上效率很低。
