從全國來看，生態有機肥的生產原料主要是畜禽糞便，其次是生活垃圾、生活污泥、農產品下腳料、以及農作物秸稈為主要生產原料的化工產品下腳料等。這些原料都能產生令人不適的氣味，有的會產生惡臭， 甚至影響人們的正常生活。
1,臭源物質的的化學成分
一般認為，生態有機肥料生產原料中產生臭味的化半物質主要是含硫化合物、氨氣、胺類、脂肪酸、酮、醛、酚以及其他芳香族化合物和雜環化合物。
2，除臭方法
目前國內外比較前沿的除臭方法有水洗法、藥業處理法、載體吸附法.燃燒法、生物除典法等。其中，生物除臭法主要是利用特殊功能微生物群體對臭氣進行分解和轉化，生成無臭物質以達到除臭的目的。該法具有材料易得，設施簡單、成本低廉、無污染、效果好、可持續等優點，比較適宜于養殖場、屠宰場、垃圾處理廠、污水處理廠、生態有機肥廠應用。
3，發酵、加工區域的除臭
發酵、加工車間的有機物料有時需要劇烈翻動，會使臭氣四處彌漫。實際上，有機肥生產企業的臭味主要是來自家禽糞便等有機物料隨空氣來回飄散引起的，有時隨訪飄散方圓2公里仍能聞到，發酵、加工區域的除臭問題就顯得至關重要。利用生物除臭技術可以從以下幾個方面解決臭味擾民問題。
①，使用生物發酵除臭菌種
在畜禽糞便等有機物料翻堆、發酵、腐熟過程中，生物發酵除臭菌種能全程分解和轉化臭味物質。使用此類產品，一般在48小時左右可以消除惡臭。長期使用生物發酵除臭菌種，有機肥生產企業的臭味明顯減輕或者消失。
生物發酵除臭菌種大部分為中溫型微生物，少量為中高溫微生物，一旦超過60℃，所有除臭微生物將失去活性，剩下的高溫微生物幾乎沒有除臭效果，但此時，一些活性酶也對臭味物質起到作用。所以，利用生物發酵除臭菌種進行畜禽糞便的發酵，往往溫度不太高。
②，密封發酵、加工車間和安裝除臭裝置
密封發酵、加工車間可以阻止臭氣溢出。在發酵、加工車間的一側安裝多個進氣扇，讓外界新鮮空氣進入車間內，而在發酵、加工車間的另一側安裝多個排氣扇，每個排氣扇連通一個排氣管道，將車間排出的氣體經管道通入固體或者液體生物濾池中。由于固體或者液體生物濾池中提前擠入了活性生物除臭菌種。車間內的臭氣得以控制。比如，有一家生物肥料生產企業，將有機肥料廠的臭味經排氣管道通入魚、蝦塘內，而魚蝦塘內加入了有益的活性除臭菌種，不但解決了臭味問題，還給魚蝦提供了營養物質，魚蝦塘不用施肥，照樣水草青青，魚蝦滿塘。
③，密封運輸或者遠離居民區生產
有機肥料生產企業，一般被認為是污染企業。所以，決策者在建廠之前，一定要多方考量，盡量建在遠離居民區或工業區內。比如，貴州一家有機肥生產企業，就建在山林里，充分利用山林中大型的養牛場生產有機肥料，多年來生意興隆，相安無事。
