有機肥生產的基本原理就是把糞尿等有機物料與木糠、秸稈碎等混合，進行自然發酵或添加微生物好氧發酵，將有機質轉化為穩定腐殖質的過程。不同的清糞方式和處理規模，方法略有不同。
要做有機肥先改掉水泡糞
水分是有機肥生產中一項重要指標。因此，干清糞方式更適合生產有機肥。河源東瑞肥料有限公司技術經理李有建告訴記者，堆肥發酵的第一步就是調水分，最適合的水分是50%-60%，過干或過濕都會影響好氧發酵過程。如果以一頭肥豬年產396公斤豬糞計算，干清糞的利用率能達到70%-80%，而水泡糞或水沖糞再固液分離出來的豬糞含水量高，利用率不到50%。而且養分溶于水，也降低了肥效，降低生產有機肥的價值。
據華南農業大學資源環境學院王德漢教授介紹，水泡糞方式固液難分離，即使分離，豬糞養分流失，肥效低。因此一些水泡糞的豬場已經改造成水沖糞模式。
如何把水泡糞或水沖糞方式直接改造成干清糞，記者暫時還沒有找到案例。但據了解，一些豬場通過安裝簡易的豬廁所，來訓練豬只定點排便，可以進一步減少沖欄用水量，也不失為一種好辦法。
“高床發酵型生態養豬模式”直接將豬舍與有機肥生產車間相結合，糞尿一起處理，更加節約場地和人力物力。豬舍兩層結構，二層養豬采用溫控通風設備，全漏縫地板結構，養豬生產過程中不沖水、產生的豬糞尿通過漏縫板落入一層墊料中；豬舍一層高度為2.5-2.8m，鋪設木糠等墊料消納豬糞尿，墊料厚度60-70cm，翻堆機自動翻堆，初步發酵半腐熟有機肥，再轉移到有機肥車間進一步發酵。
好氧發酵是核心
糞便收集起來之后，就要進行堆肥發酵了，這里也有一些門道。李有建表示，首先要通過添加高含碳、低含水份的輔料，把水份和C/N比調節到合適的比例。然后，根據豬場規模和場地選擇發酵方式。完整的堆肥發酵包括升溫期、高溫期、降溫腐熟期三個階段。一般豬場簡易情況下，主要進行高溫期，通過好氧發酵殺滅蟲卵等以達到無害化目的。好氧發酵需要不斷翻堆，有條件的豬場可以使用通風設備，這個過程通常需要20天。
陳化時間可長可短，期間每周翻堆一次。但有機肥是有“生命”的，李有建表示，陳化時間也不能太長，微生物會消耗養分。
如果生產商品化有機肥，還需要調節養分和水分達到行業標準。據了解，目前執行的農業標準NY525-2012要求總養分含量（N+P2O5+K2O）≥5%；H2O≤30%。王德漢表示，如果單純用豬糞做原料很難達到標準，一般需要額外添加一些原輔料，如木炭灰等。或者在發酵之后添加不同比例的氮、磷、鉀拌和。據了解，還可以添加功能菌，繼續發酵，制成各種功能性有機肥。沼氣池中下層沼渣也可以作為有機肥原料，但缺點是氮揮發損失多，而且含水量高。
設備投資幾十萬到上百萬
對小規模豬場來說，一定面積的儲糞池就可以進行堆肥。針對小規模豬場也有小型的發酵設備，但成本比較高，一般不推薦使用。而規模化豬場需要更大的場地和設備生產有機肥。
條垛堆肥是比較常見一種方式，把原料堆成條垛，地下埋通氣管道進行間歇性鼓風供氧，每天翻堆1次。目前發酵場地3200平方，倉庫1000平方，有12條堆肥線，設計年產有機肥10000噸。基建加上翻堆機，粉碎、分篩、包裝設備，貨車，叉車配套，總投資300多萬。他告訴記者，生產10000噸有機肥大約需要堆肥原料20000噸，除掉5000噸輔料，處理豬糞尿大概15000噸，以此估算，日處理量大概55噸。
在條垛式堆肥基礎上，發展出槽式堆肥，自動化程度更高。從槽的一端加料后，翻堆機每天向前移動3-4米，20天后，發酵好的有機肥從另一端出料。有機肥設備槽的深度和寬度要根據翻堆機型號來設計，可以多條槽共用一臺翻堆機。
塔式發酵法采用頂部提升進料，在塔內翻動、通氧快速發酵。具有占地小，封閉無味、發酵時間短等優點，但設備成本高，運行中耗電量大，運行成本也比較高。
