微生物肥料是指一類含有活的微生物，在使用中能達到特定的肥料效應的生物制劑，也可以稱為菌肥。它能促進物質、能量的轉換和循環利用，可以降解廢棄物，提高土壤肥力和活性，改善果品品質，有利于食品安全和環境保護。
微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格，施入后需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后才能發揮作用。
微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
微生物肥料應避免高溫干旱條件下施用，并且注意溫、濕度的變化。高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。
微生物肥料不能長期泡在水中，微生物肥料適合的土壤含水量為50%～70%。
微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但應避免與未腐熟的農家肥混用，以防高溫殺死微生物，影響肥效。
微生物肥料應避免與農藥同時施用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用。
避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質營養養分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。
注意微生物肥料的肥效條件。微生物肥料肥效的發揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質量因素，又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機質、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應用都應注意合理性。
