原料與輔料對維持產品中微生物存活、發揮功效和保證安全都有重要的影響，又是產品中的主要組成部分之一。
明確了用于生物肥料生產的原料與輔料，應符合以下規定:以畜禽糞便、動植物殘體和以動植物產品為原料加工的下腳料，須經發酵腐熟并符合無害化要求后，方可作為生產微生物肥料的原料和輔料;不宜使用粉煤灰等礦化碳和廢棄塑料粉末等化學合成碳的物料進行生物肥料生產;也不宜使用會帶來生物安全隱患的原料，如蛋白含量豐富的抗生素工業廢渣，這種廢渣施于田間會誘導抗藥性病菌的滋生。要求企業按照規定使用原料和輔料，在申請產品登記時予以明確，并由登記部門進行動態跟蹤，避免原料與輔料中的重金屬、病原菌、抗生素等含量超標帶來的安全隱患。
微生物肥料產品中占有95%~98%以上的是原料、輔料等載體物料。它對產品的
目前，用于微生物肥料生產的原料、輔料等五花八門，除了傳統的經發酵的畜禽糞便、秸稈等農業廢棄物外，近年來諸如味精廠、制糖業、造紙業等的下腳料，生活垃圾、城市污泥、膨潤土、硅藻土、煤粉、褐煤、營養土等，它們成分復雜，而且存在重金屬、病原菌、抗生素殘留等安全隱患。
目前重金屬含量超標已引起社會廣泛關注，尤其是食用農產品的重金屬超標。含較高重金屬有機肥的大量施用，造成的土壤重金屬含量迅速提高，必須引起足夠的重視。生產微生物肥的微生物是安全的，微生物肥料的安全隱患往往是原料和輔料控制不夠嚴所造成的。
質量安全與效果保證非常重要，因為它不僅僅是載體，更是微生物的“糧食”。它既提供了制造微生物及其代謝產物的材料，又能提供微生物生長、代謝、繁殖的能量。具體表現在，微生物有了可利用的有機源才能大量增殖，才有了新陳代謝和固氮、活化鉀磷礦物的能量;才能合成多糖、聚氨基酸、生物激素等活性物質，形成具有保肥、保水、通氣功能的土壤團粒結構等。
好的有機質原料能被微生物發酵分解，通常將這種有機物中所含的碳源稱為可發酵碳。而這種可被微生物分解的有機質載體(可發酵碳)與其來源直接相關，因此，有必要明確用于微生物肥料中的各種原料、輔料等有機載體的來源和種類，也便于對其安全性進行監管;反之，以膨潤土、硅藻土、粉煤灰等無機材料為載體(或吸附劑)制成的微生物肥料，其效果表現慢甚至肥力不顯著的原因就是缺乏有機質載體(可發酵碳)供菌體生長。
