我國微生物肥料研發(fā)與生產(chǎn)存在亟待解決的問題較多，其中最為重要的是與微生物肥料的質(zhì)量相關(guān)的保活材料。微生物肥料中菌的數(shù)量保持、菌的存活時間的長短是微生物肥料重要的指標，保護劑、助劑是確保微生物肥料質(zhì)量的關(guān)鍵，是國外微生物肥料生產(chǎn)中的保密性最強的核心技術(shù)。我國由于缺乏這類核心技術(shù)，生物肥料產(chǎn)品中的菌株生存時間短、活性差，適應(yīng)環(huán)境能力和生存定殖能力較低、產(chǎn)品效果不穩(wěn)定及成本高等問題，導(dǎo)致生物肥料的大量生產(chǎn)和大范圍的應(yīng)用受到限制。
我國生物肥料中的菌株存活時間較短，按照我國國家微生物肥料標準，固體菌劑中的有效活菌數(shù)在6~ 12個月保持2.0×l09cfu/g；液體菌劑中的有效活菌數(shù)3~6個月保持5.0 x l09 cfu/mL。遠遠低于國際現(xiàn)行技術(shù)能夠達到的標準。液體生物肥料中，高效的微生物肥料保護劑、助劑、分散劑的研究在我國仍相當落后。我國保持生物肥料的生理活性的核心技術(shù)比國外落后約30年，亟待加強能保持生物肥料的旺盛活力的生物保活材料的研究與開發(fā)。
生物有機肥原料復(fù)雜，施用肥料后易產(chǎn)生二次污染
生物有機肥原料復(fù)雜，可能存在一定數(shù)量的重金屬、農(nóng)藥、飼料添加劑、抗生素等有害物質(zhì)。當其施入土壤后，這些有害物質(zhì)也隨之帶入土壤和環(huán)境中，會對環(huán)境產(chǎn)生負面的影響。
生產(chǎn)工藝有待改善
由于生物有機肥必須經(jīng)過發(fā)酵、分解、粉碎、造粒過程，還必須加入或保留適量的有益微生物，這就要求生物有機肥有較高的技術(shù)含量。目前，我國的生產(chǎn)技術(shù)還不能完全滿意地解決上述一系列的問題。
展望
為了保證農(nóng)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展，加大生物有機肥料的開發(fā)、生產(chǎn)及應(yīng)用成為一種必然的趨勢。可以相信，生物有機肥料將逐漸成為肥料行業(yè)生產(chǎn)和農(nóng)資消費的熱點。生物有機肥的開發(fā)應(yīng)用將會為綠色食品、有機食品產(chǎn)業(yè)化創(chuàng)造良好條件。同時通過有益微生物的處理加快有機廢棄物等資源化利用，降低有機廢棄物對環(huán)境等造成的污染。生物有機肥的發(fā)展將會由單功能向多功能方面發(fā)展，根據(jù)不同土壤和不同作物研制不同的配方，適合農(nóng)業(yè)的發(fā)展。
